Darth Malak, um Lorde Negro dos Sith e aprendiz de Darth Revan, soltou a armada Sith contra a República Galáctica. A ação de Malak deixa os Jedi amedrontados e vulneráveis; muitos Cavaleiros Jedi morrem na batalha e outros se aliam à Malak. O jogo abre com o personagem que o jogador customizou, e que pode ser tanto masculino quanto feminino, acordando dentro de uma nave republicana prestes a ser destruída, e sem nenhuma memória do passado. Depois de escapar da nave, o personagem vai ganhando companias e vai lembrando de partes do seu passado, enquanto tenta impedir as forças de Malak. Para fazê-lo, o personagem principal e seus companheiros procuram por Star Maps (Mapas estelares), que juntos revelam a localização da Star Forge, uma antiga estação estelar que dá enorme força à Malak.
Dependendo das ações do personagem, ele pode usar a Star Forge para derrotar os Sith, como roubar o poder da estação de Malak para dominar a Galáxia, se tornando um Lorde Negro dos Sith.
O alinhamento de rumos para o light ou dark side da Força é determinado por ações e diálogos que o jogador pode fazer ou não pelo jogo. Generosidade e altruismo leva ao lado bom da Força, já pensar em si mesmo e ações violentas podem levar ao lado negro da Força, o que vai alterar a aparência do personagem, tornando seus olhos amarelos e sua pele cinza.